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Text File  |  1995-03-04  |  2.7 KB  |  66 lines
  1. **************************************************
  2. * Serine proteases, trypsin family, active sites *
  3. **************************************************
  4.  
  5. The catalytic activity  of the  serine proteases from the  trypsin  family  is
  6. provided by a charge relay system involving an aspartic acid residue hydrogen-
  7. bonded  to a histidine,  which  itself  is hydrogen-bonded to  a serine.   The
  8. sequences in the vicinity of the active site serine and histidine residues are
  9. well conserved  in  this family of proteases [1].  A partial list of proteases
  10. known to belong to the trypsin family is shown below.
  11.  
  12.  - Acrosin.
  13.  - Azurocidin.
  14.  - Blood coagulation factors VII, IX, X, XI  and XII,  thrombin,  plasminogen,
  15.    and protein C.
  16.  - Cathepsin G.
  17.  - Chymotrypsins.
  18.  - Complement components C1R, C1S, C2, and complement factors B, D and I.
  19.  - Cytotoxic cell proteases (granzymes A to H).
  20.  - Elastases 1, 2, 3A, 3B (protease E), leukocyte (medullasin).
  21.  - Hepsin.
  22.  - Glandular (tissue) kallikreins (including EGF-binding  protein  types A, B,
  23.    and C, NGF-gamma chain, and Tonin).
  24.  - Plasma kallikrein.
  25.  - Mast cell proteases (MCP) 1 (chymase) to 7.
  26.  - Plasminogen activators (urokinase-type, and tissue-type).
  27.  - Prostate specific antigen (PSA) (arginine esterase).
  28.  - Proteinase 3 (myeloblastin) (Wegener's autoantigen).
  29.  - Gamma-renin.
  30.  - Trypsins I, II, III, and IV.
  31.  - Tryptases.
  32.  - Snake venom proteases such as ancrod,  batroxobin,  cerastobin, flavoxobin,
  33.    and protein C activator.
  34.  - Collagenase  from  common cattle  grub  and  collagenolytic  protease  from
  35.    Atlantic sand fiddler crab.
  36.  - Apolipoprotein(a).
  37.  - Blood fluke cercarial protease.
  38.  - Drosophila trypsin like proteases: alpha, easter, snake-locus.
  39.  - Achromobacter lyticus protease I.
  40.  - Lysobacter alpha-lytic protease.
  41.  - Streptogrisin A and B (Streptomyces proteases A and B).
  42.  
  43. -Consensus pattern: [LIVM]-[ST]-A-[STAG]-H-C
  44.                     [H is the active site residue]
  45. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  46.  for complement  components C1R and C1S,  pig plasminogen,  bovine  protein C,
  47.  rodent urokinase,  ancrod,  Achromobacter  lyticus  protease I and two insect
  48.  trypsins.
  49. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: Bacillus subtilis  sucrose permease
  50.  and a Newcastle disease virus hemagglutinin.
  51.  
  52. -Consensus pattern: G-D-S-G-G
  53.                     [S is the active site residue]
  54. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  55.  for 21 different proteases.
  56. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 12.
  57.  
  58. -Note: if a  protein  includes  both  the serine and the histidine active site
  59.  signatures,  the  probability of it being a trypsin family serine protease is
  60.  100%
  61.  
  62. -Last update: June 1994 / Text revised.
  63.  
  64. [ 1] Brenner S.
  65.      Nature 334:528-530(1988).
  66.